Возник такой вопрос?
Сервер стоит на ОС Windows 2003 если перенести его на семейство Linux или FREBSB повлияет это на базу mysql php apatch. Тоесть скачать специально для Linux’a сервисы mysql php apatch установить и залить базу…

И какую ос Linuxa ставить для сервера, на сервере стоит сайт.

Из Линуксовых - Debian. Я бы порекомендовал поставить фрю.
Данные сохранятся.

Вроде дамп бд не зависит от ОС.
З.Ы. Интересно, что это за программа у автора - apatch? =)

Наверняка APaTaiCHiu.

Апатч не правильно написал apache

SuSE, Gentoo

да не советовал бы- тут малость приоритеты другие
на 100 процентов согласен - проэкты, хоть и не "свежие" но максимальный уклон на стабильность и безопасность- для сервера идеально... на мой взгляд попроще debian будет... но может я и не прав (с семейством BSD дружу не особо- проблеммы с железом)

Если планируешь ставить средства отладки для PHP на основе Zend приложений, FreeBSD лучше не ставь, ибо под нее отладчик и др. примочку поставить не получится, по крайней мере, пока такой поддержки нет – проверено.

вот это и есть Великий и Могучий мынус семейства BSD