Yandex уверено индексирует мой сайт с префиксом «www» в домене, как можно заставить его перестать индексировать его в таком виде?

попробуй удалиться и регнуться заново.
а вообще префикс влияет на тИЦ: когда у моего домена тИЦ был 90, то в если в коде "денежки" не писал префикс, отображалось, а если писал, то "CY"

Кинуть в корень сайта файл robots.txt
с такими параметрами:

User-Agent: *
Host: tvoi_sait.ru