Итак, у меня есть сервер (физический,выделенный) и у меня такая проблемма...сервер я арендовал для того чтобы создать сервер игры Ragnarok, но я столкнулся с проблеммой...как я могу залить на машину папку с эмулятором? как вообще это происходит? и как я потом могу запустить файлы внутри этой папки (запустив тем самым сервер игры)? Если можно объясните очень подробно, буду очень признателен...

ОС, которая стоит - Fedora Core 4 с cPanel кстати...

Считаю что это надо было выяснять перед арендой.

Если папку с эмулятором нужно залить с домашнего компа - тут может помочь организация FTP на сервере. ил по ssh

если папка с эмулятором находится с интернете, и доступна по прямой ссылке http или ftp - можно и спользовать команду wget

слабо представляю - зачем тебе cPanel при организации игрового сервера. Сравнимо с тем, что будешь микроскопом гвозди забивать.
скорее всего тебе его дали вдовесок к серверу или вообще за счет этой панели у тебя увеличена стоимость аренды... хотя домены завести и ФТП организовать с помощью неё можно 8-)

Думаю организовать сервер нормально - потребуется админ.